Un día, después de las clases, el estudiante de primer año de instituto Yomogi Asanaka se encuentra con un hombre hambriento bajo un puente. Presentándose como Gauma, el extraño vagabundo informa a Yomogi de que es un “usuario kaiju”, una persona que se ocupa de los “kaiju” -monstruos que hacen daño a la ciudad y a sus ciudadanos.

La noche siguiente, Yomogi se encuentra con Gauma y su compañera de clase Yume Minami. Simultáneamente, un kaiju aparece en una zona poblada de la ciudad. Debido a la falta de experiencia de Gauma en el control del kaiju, saca un misterioso objeto de una bolsa brillante, invocando a un robot gigante conocido como Dynazenon. El mecha, que requiere la cooperación de cuatro personas, arrastra a Gauma, Yomogi, Minami y Koyomi Yamanaka -un desempleado que vagaba por la calle- a su cabina.

Su encuentro con el kaiju marca el inicio de su relación con los eugenistas kaiju -usuarios de kaiju que manipulan a los kaiju con mala intención- y sus esfuerzos por sacar todo el potencial de Dynazenon.