Un día una ciudad es aniquilada. Yuki es una joven mujer que se dice que es la única persona que queda viva en la ciudad tras la aniquilación, mientras Takuya es un solitario contrabandista. Juntos, con la carta que dejó el padre de Yuki, se dirigen hacia la ciudad, que ahora lleva el nombre de Lost, sin embargo, obstáculos inesperados se interponen en su camino. Los pensamientos de los que se quedaron atrás, las organizaciones secretas y misteriosas, y las conspiraciones ocultas esperan a Yuki y Takuya a medida que se acercan al misterio oculto tras Lost.