Comienza un nuevo año en la secundaria, pero esta vez sucederá algo verdaderamente raro. Una misteriosa hermana menor de Moka vendrá para complicarle las cosas Tsukune y las demás. La serie comienza donde terminó la primer temporada, luego de las vacaciones de primavera, en la cual volveremos a ver a todos los personajes en un nuevo ciclo lectivo en la academia de mounstros Youkai.