La historia transcurrirá 2 años después de la segunda temporada de televisión. Es el año 2116 y el gobierno japonés ha comenzado a exportar los droides no tripulados y el concepto de Sistema Sibyl a los países que lo requieran y así es como se ha extendido mundialmente el sistema. La unión de países del sudeste de Asia (SEAUn) ha introducido recientemente el Sistema Sibyl y se encuentra en fase experimental y es gracias a ello que la ciudad artificial construida sobre el agua Shambala Float disfruta de días de paz y tranquilidad. Sin embargo, desde SEAUn llegan terroristas a Japón que consiguen burlar el Sistema Sibyl y lanzar una ofensiva al gobierno central. Es entonces cuando la sombra de cierto hombre aparecerá y Akane viajará hasta Shambala Float para descubrir la verdad detrás de la justicia que mueven estos hechos.