Después de tener una extraña pesadilla, Madoka Kaname, una chica de 14 años encuentra a una criatura mágica llamada kyubee. A Madoka y Sayaka Miki, su amiga, les ofrece la oportunidad de ganar poderes mágicos si están de acuerdo en hacer un contrato con el. Kyubee les ofrece cumplir un deseo, pero a cambio deben arriesgar sus vidas para luchar contra brujas. Criaturas que, nacidas de maldiciones, son responsables de muchos asesinatos y suicidios. Una aliada de kyubee, una chica mágica llamada Mami Tomoe, se hace amiga de ellas y las alienta a aceptar el contrato. Por razones desconocidas, otra chica mágica llamada Homura Akemi esta decidida a impedir que Madoka acepte la oferta.